En novembre, Yakounine avait été hospitalisé dans un état grave. Les médecins avaient réussi à le sortir du coma, c'est-à-dire d'un état d'inconscience prolongé, et il avait repris connaissance. Les militants qui soutenaient le prêtre depuis de nombreuses années avaient lancé une collecte de fonds pour son traitement et sa rééducation. Il n'a pas eu le temps de se rétablir.
Le parcours de Yakounine embrasse presque toute l'histoire des relations entre l'Église et l'État dans la seconde moitié du XXe siècle. Il fut prêtre du patriarcat de Moscou, cette institution même qui, à l'époque soviétique, existait sous le contrôle strict de l'État et parlait rarement des persécutions dont souffraient les croyants. C'est précisément pour cela que la lettre ouverte au patriarche sur les persécutions des croyants faisait sortir le débat sur la situation de l'Église hors des murs des institutions ecclésiastiques. C'était un pas difficile à concilier avec la prudence habituelle de la hiérarchie dans ses relations avec le pouvoir.
Défense des croyants et détention
Le Comité chrétien de défense des droits des croyants, qu'il avait fondé, s'employait à aider ceux qui étaient persécutés pour leur activité religieuse et à consigner les violations de leurs droits. Pour le système soviétique, un tel travail était un défi, car l'État avait coutume de considérer la vie religieuse comme une affaire devant se dérouler sous surveillance et sans débats publics. Yakounine fut emprisonné dans un camp, comme beaucoup de dissidents de l'époque. Dans la pratique soviétique, le camp désignait un lieu de détention forcée pour condamnés, où les conditions de vie étaient dures et les liens avec le monde extérieur limités.
Plus tard, il fut élu parmi les députés du premier parlement démocratique du pays. C'étaient les années où le système soviétique perdait déjà sa solidité d'antan et où les élections offraient pour la première fois aux gens la possibilité de choisir autrement que dans des listes établies à l'avance. Pour un prêtre qui s'était opposé pendant des années aux restrictions, la participation à la politique était le prolongement logique de son travail antérieur.
Défroqué et anathème
En 1993, Yakounine fut défroqué. Cela signifiait qu'il ne pouvait plus célébrer les offices ni administrer les sacrements en tant que ministre du culte. En 1997, il fut frappé d'anathème. Dans la tradition orthodoxe, l'anathème est une malédiction ecclésiastique formelle et une exclusion de la communion avec l'Église, décision prise par l'autorité ecclésiastique. Pour un homme qui s'était toute sa vie dit prêtre, cette rupture fut particulièrement douloureuse.
Il consacra les quinze dernières années de sa vie au mouvement pour le renouveau de l'orthodoxie. Celui-ci prit forme dans l'Église orthodoxe apostolique. Les mouvements de renouveau dans l'orthodoxie se sont historiquement donné pour tâche de réformer la vie ecclésiale, de la rendre plus ouverte à la société et plus indépendante du pouvoir étatique. Les partisans de ces idées parlaient de la nécessité de l'autonomie des Églises locales, et le thème de l'autocéphalie, c'est-à-dire de l'autonomie d'une Église particulière, demeurait l'un des plus brûlants dans le monde orthodoxe.
Année de naissance et dernières semaines
La date de naissance de Yakounine diverge selon les sources : on cite 1934 et 1936. L'avis de décès indique sa 81e année, et c'est cette formulation qui a servi de base à la plupart des publications sur sa disparition. La divergence ne concerne pas seulement la biographie formelle, mais aussi la compréhension de la précocité de ses débuts dans le milieu ecclésiastique et de la durée de son activité publique.
Les dernières semaines de Yakounine se sont déroulées à l'hôpital. Les militants qui le connaissaient par son travail de défense des droits de l'homme collectaient des fonds pour son rétablissement, espérant qu'après sa sortie du coma il pourrait suivre une rééducation complète. Ces efforts n'ont pas suffi : l'état du prêtre ne s'est pas amélioré assez pour lui rendre la possibilité de revenir à sa vie d'avant. Il s'est éteint à Moscou, et avec lui s'achève l'histoire de l'un des prêtres les plus marquants de ceux qui ont défendu les droits des croyants à l'époque soviétique et post-soviétique.
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